在过去的15年里，来自凤凰城基因组学研究院（TGen）的科学家们已经研究出病人个体的DNA蓝图，以确定治疗癌症和其他复杂疾病有效的方法。
作为City of Hope的一个附属机构，TGen将利用这种专业技术为癌症患者绘制一条更加的路径来进行CAR T细胞疗法。
TGen 神经胶质瘤研究所所长Michael Berens博士
“我们将在他们的工作中增加更多的经验和技术，我们的基因组学平台可以同时研究治疗‘武器’（CAR T细胞和它们的有效性）和‘标靶’或者癌细胞，以及它们是如何发生变化，”Tgen教授同时也是神经胶质瘤研究小组负责人的Michael Berens博士解释说。
CAR T细胞经过基因改造后可靶向肿瘤特异性的表面蛋白标记物，这能刺激强大的免疫反应来对抗癌症。现在面临的挑战是如何在一个肿瘤上存在的数千标记物之中确定有效的标志物。
TGen的基因组学技术可以加速识别这些标记物目标。传统上，CAR T细胞的目标是在肿瘤细胞表面发现的高水平蛋白质，但这些蛋白质在健康细胞中没有或处于低水平。除了确定这类目标之外，TGen的科学家们正在研究一种新的分析方法，使他们能够识别出一种被称为“新抗原”的另类目标。
“新抗原只存在于肿瘤细胞中，身体的其他地方都没有，这一发现令人激动。有了新抗原作为高度特异性的目标可在潜在副作用更少的情况下刺激免疫反应，” TGen研究所病原微生物和综合癌症遗传学分部的助理教授John Altin博士解释道。John Altin博士曾帮助发明了这项新的试验。
CAR T细胞有可能直接以新抗原为目标引发免疫反应，或者可能是CAR T疗法的一个有益副作用。终，这些方法有望为City of Hope的癌症患者带来更为成功的免疫反应。
TGen总裁兼研究主任Jeffrey Trent博士正在和City of Hope的Christine Brown博士合作，利用新的方法来研究针对HER2乳腺癌的CAR T疗法。TGen团队也正在对CAR T抵抗胰腺癌（第三大癌症死亡原因）的疗效进行研究。由于存在一个几乎无法穿透的物理屏障和不适宜T细胞生长的环境，胰腺癌已经被证明并不适合进行其他免疫疗法。
除了新抗原试验外，Berens还迫切地希望利用TGen的单细胞测序技术来研究在CAR T疗法和脑肿瘤中的核糖核酸（RNA）和表观基因组。DNA蓝图中执行编码指令的是RNA，而表观基因组则是DNA螺旋结构上的机械装置，可根据细胞的特定功能和身体位置来开启和关闭基因。
通过单细胞RNA测序，“我们现在可以观察被设计的T细胞如何表现。是不是只有CAR T细胞才能控制肿瘤，还是它们向病人免疫系统的其他部分指示该做什么？”
即使DNA没有改变，癌症干细胞的表观基因组也可以将细胞从安静状态转化为主动侵入周围组织的默许状态，这可以帮助肿瘤医生了解大脑肿瘤是如何逃离免疫疗法的，Berens表示。
他说：“这是TGen基因组学能够真正有助于City of Hope的CAR T项目发展的另一个领域。”
