该科室分四个部门脊椎・脊髓、上肢、下肢、肿瘤，各个领域都有很高的专业性手术医师，主要是针对一般医院和诊所做不了的疑难病例、肿瘤及手术患者为中心治疗。
1922年开业的骨科教室已培养了1000名以上骨科外科医，是日本屈指可数的传统和实践业绩极高的教室。2015年施行了2000件以上的超专业性的手术。
各个临床班实行高度专业性的手术，目前总手术例数每年2000例，2018年四肢外伤患者增加，手例数达到2497例。
目前全膝关节置换术(TKA)在世界范围内的数量较多，但是如果植入物放置不正确，会出现磨损和松弛，需要重新手术。庆应义塾大学医院于2019年9月推出的NAVIO机器人不会意外损坏软组织，并且可以保留韧带而不会给患者的身体造成负担。在实际手术中，该机器先通过红外摄像机读取患者的关节形状，然后识别软组织平衡，在手术过程中快速绘制出图像，并在微调肌肉和韧带平衡的同时制定手术计划。
